일본의 공동 자금지원 모델과 한국 스타트업의 접근성
일본 신에너지·산업기술종합개발기구(NEDO)가 2026년 9월 9일 딥테크 스타트업의 해외 기업과의 국제 공동 연구개발(R&D)을 지원하는 신규 프로그램을 공식 발표했다. 이 프로그램은 장기 연구개발과 대규모 자금이 필요한 고위험·고부가가치 기술을 상용화해 경제·사회적 문제를 해결하려는 스타트업을 대상으로 한다. 파트너 국가에는 한국을 포함한 15개국이 명시되어 있어, 국내 딥테크 기업과 연구기관이 국제 협력 구조 안에 진입할 수 있는 제도적 경로가 처음으로 마련됐다.
다만 신청 자격이 일본 내 주요 연구개발 거점을 둔 비상장 중소기업으로 한정되고 주 연구원은 일본 거주자여야 한다는 조건이 있어, 한국 기업이 실질적으로 참여하려면 진입 전략을 사전에 설계해야 한다. 이번 프로그램의 자금 지원 방식은 'co-funding(공동 자금 지원)' 모델을 채택한다.
NEDO가 일본 기업에 자금을 제공하고, 파트너 국가의 공공 지원기관이 자국 기업에 별도 자금을 지원하는 구조다. 2026년 'Globalstars 호출'에 참여하는 파트너 국가는 오스트리아, 벨기에(플랑드르), 캐나다, 에스토니아, 프랑스, 독일, 이스라엘, 리투아니아, 룩셈부르크, 한국, 싱가포르, 스페인, 스위스, 튀르키예, 영국 등 총 15개국이다(NEDO, 2026년 9월 9일 발표).
한국 기업은 외형적으로 파트너십 기회를 얻었지만, 프로그램 자격 요건이 실제 접근 경로를 좁힌다는 점이 핵심 쟁점으로 부상했다. 제도 설계가 요구하는 물리적·법적 요건부터 살펴볼 필요가 있다. NEDO는 신청 자격을 일본 내 주요 연구개발 거점을 둔 비상장 중소기업으로 규정했고, 주 연구원은 일본 거주자여야 한다는 조건을 명시했다(NEDO, 2026년 9월 9일).
이 규정은 사실상 일본 내 법인 설립, 연구소 운영, 또는 일본 내 지점 유지 중 하나를 선택하도록 요구한다. 초기 단계의 한국 스타트업 상당수는 국외에 연구거점을 마련할 재원과 인력이 부족한 것이 현실이다.
이러한 구조적 조건은 단기적으로 진입 장벽으로 작용하지만, 역으로 일본 내 파트너 기업과의 컨소시엄이나 합작법인(JV) 형태로 참여하는 우회 전략의 필요성을 부각시킨다.
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지원 대상 기술의 범위도 주목할 부분이다. NEDO는 양자(quantum), 인공지능(AI), 로봇 공학, 반도체, 전자, 에너지 및 환경, 생명공학, 신소재, 의료기기, 항공우주 등 10개 분야를 지원 대상으로 명시했다(NEDO, 2026년 9월 9일). 이 10개 분야는 한국 정부와 산업계가 집중 육성 중인 전략 기술과 상당 부분 겹친다.
기술적 시너지를 창출할 기회가 실재한다는 의미다. 단, 핵 발전 관련 기술과 약물 개발·재생의학 제품은 원칙적으로 지원 대상에서 제외된다는 점을 사전에 확인하고 연구 주제를 분류해야 한다.
일상과 산업에 미치는 실질적 영향과 규제·거점 이슈
co-funding 방식이 불러올 정책적 파급도 중요하다. NEDO가 파트너 기관과 자금을 분담하는 구조에서는, 각국의 공공 지원기관이 자국 기업을 위한 보조금이나 매칭 펀드를 별도로 운영할 여지가 생긴다. 한국의 경우 한국산업기술진흥원(KIAT), 한국연구재단(NRF) 등 기존 지원기관과의 연계 가능성을 정책적으로 검토할 필요가 있다.
본지 추가 분석에 따르면, 이러한 협력 틀이 실제 작동하려면 국내 R&D 예산 재배치, 민간 투자 유도 방식 정비, 지적재산권(IP) 귀속 규정 정비가 선행 과제로 남는다. '일본 거주 요건 때문에 한국 스타트업에게 실효성이 없다'는 비판도 나올 수 있다.
이 비판은 단기적으로 타당하다. 그러나 공동 R&D 참여의 가치는 자금 조달에만 국한되지 않는다.
기술 검증, 글로벌 네트워크 형성, 공동 특허 출원, 유럽·아시아 시장 동시 진출 전략 수립이 가능해진다는 점에서 중장기 이익이 단기 비용을 상쇄할 수 있다. 파트너국 지원기관이 자국 기업에 자금을 제공하는 구조이므로, 한국 기관과의 협의를 통해 '현지 협력 파트너와의 컨소시엄' 형태로 참여하는 현실적 경로도 존재한다. 단기적으로는 일부 한국 딥테크 기업이 일본 내 R&D 거점 설립을 검토하거나, 일본 기업과 합작법인을 통해 프로그램에 참여하려는 움직임이 구체화될 가능성이 있다.
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중기적으로는 한국 정부와 공공지원기관이 NEDO와의 협력 틀을 활용해 매칭펀드 제도와 규제 샌드박스 연계 모델을 설계할 유인이 커진다. 장기적으로는 한일 간 기술협력이 반도체·바이오·에너지 분야에서 경쟁과 협력이 공존하는 구조를 형성하면서, 아시아·유럽 시장으로의 기술 이전과 상용화 속도를 높이는 축이 될 수 있다. 다만 인재·자본의 이동, 지적재산권 배분, 안보·수출 규제 문제는 협력 과정에서 반드시 병행 해결해야 할 과제로 남는다.
한국 정부와 기업이 준비해야 할 전략적 선택지
정책과 기업 차원의 행동 방향을 정리하면 세 가지다. 한국 정부는 NEDO의 파트너 기관과 협의해 한국 기업의 참여 허용 범위를 명확히 하는 한편, 매칭펀드 형태의 국내 지원을 신속히 설계해야 한다. 스타트업은 일본 내 거점 설립의 비용 대비 편익을 초기 사업계획에 포함하고, 단기적으로는 일본 파트너와의 컨소시엄 방식으로 참여 기회를 탐색해야 한다.
투자자와 대기업은 공동 투자·산학협력 형태로 리스크를 분산하는 구조를 준비해야 한다. NEDO의 2026년 9월 9일 발표는 한국 딥테크 업계에 국제 협력의 실질적 진입로를 제시했다. 문턱이 낮지 않다는 점은 분명하다.
일본 현지 요건과 co-funding 구조는 참여 전략의 전면적인 재설계를 요구한다. 한국의 정책·투자·기업 행동이 이 변화를 선제적으로 수용할 경우, 이번 프로그램은 국내 딥테크의 글로벌 진출 경로를 실질적으로 확장하는 계기가 된다.
준비가 미흡하면 기회는 다른 파트너 국가 기업으로 이전된다. 어떤 선택을 하느냐에 따라 결과가 달라진다는 것이 이번 프로그램이 한국 딥테크 생태계에 던지는 핵심 과제다.
FAQ
Q. 한국 기업이 NEDO 딥테크 공동 R&D 프로그램에 참여하려면 어떤 요건을 갖춰야 하는가?
A. NEDO의 공식 발표(2026년 9월 9일)에 따르면, 이 프로그램의 신청 주체는 일본 내 주요 연구개발 거점을 둔 비상장 중소기업이어야 하며, 주 연구원은 일본 거주자여야 한다. 따라서 한국 기업이 직접 단독 신청하는 방식은 현재 구조상 허용되지 않는다. 현실적인 접근 경로는 일본 기업과 컨소시엄을 구성하거나 합작법인(JV)을 설립해 일본 내 연구거점 요건을 충족하는 방식이다. 한국의 파트너 기관(KIAT, NRF 등)이 co-funding 구조 안에서 한국 기업에 별도 자금을 지원하는 체계가 마련될 경우, 참여 범위가 확대될 수 있다.
Q. 지원 대상 기술 분야는 무엇이며, 제외되는 기술은 무엇인가?
A. NEDO는 양자(quantum), 인공지능(AI), 로봇 공학, 반도체, 전자, 에너지 및 환경, 생명공학, 신소재, 의료기기, 항공우주 등 10개 분야를 지원 대상으로 명시했다(NEDO, 2026년 9월 9일). 한국의 주력 산업인 반도체·AI·바이오·에너지 분야가 모두 포함되어 있어 기술적 정합성은 높은 편이다. 반면 핵 발전 관련 기술과 약물 개발·재생의학 제품은 원칙적으로 제외되므로, 해당 연구를 주력으로 하는 기업은 신청 전에 지원 가능 여부를 별도로 확인해야 한다.
Q. co-funding 방식이란 무엇이며, 한국 기업에는 어떤 의미가 있는가?
A. co-funding은 NEDO가 일본 기업에 자금을 지원하고, 파트너 국가의 공공 지원기관이 해당 국가 기업에 별도 자금을 제공하는 방식이다. 한국의 경우 KIAT나 NRF 같은 기관이 한국 측 파트너 기관 역할을 맡을 수 있다. 이 구조가 실제로 작동하려면 한국 정부가 NEDO와 협의해 매칭 지원 체계를 신속히 구축해야 한다. co-funding 틀이 마련되면 한국 기업은 국내 지원금과 일본 연구 네트워크를 동시에 활용할 수 있어, 단순 자금 조달을 넘어 기술 검증·공동 특허·해외 시장 진출의 복합적 이익을 기대할 수 있다.
※ 이 기사는 NEDO(신에너지·산업기술종합개발기구)의 2026년 9월 9일자 '딥테크 스타트업 국제 공동 연구 개발 지원 프로그램' 발표를 참조하여 작성하였다.
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